В 1987 году в Афганистане начала осуществляться политика национального примирения, принятая и одобренная на Пленуме ЦК НДПА в декабре 1986 года. Согласно этой политике, НДПА официально отказывалась от монополии на власть, в июле 1987-го был опубликован закон о политических партиях, утвержденный Президиумом Ревсовета ДРА. Этот закон регулировал вопросы создания и деятельности политических партий. Лишь в октябре на общепартийной конференции НДПА была утверждена и подписана всеми делегатами резолюция «О неотложных задачах укрепления единства НДПА в условиях борьбы за национальное примирение». Ведь раскол партии на два крыла – «Хальк» и «Парчам» – продолжал действовать.

29 ноября в Кабуле состоялся Высший совет Афганистана – Лойя Джирга. 30 ноября Лойя Джирга утвердил Конституцию Республики Афганистан, был избран президент страны – Наджибулла, который объявил делегатам афганского парламента о продолжении линии на прекращение огня до 15 июля 1988 года. Вывод Советских войск из Республики Афганистан по согласованию обеих сторон предполагалось осуществить за двенадцать месяцев.

С января 1987 года советские войска в основном прекратили ведение активных наступательных боевых действий и вступали в боестолкновения только в случае нападения на места своей дислокации. По свидетельству командующего 40-й Армией генерал-полковника Б.В. Громова, «ответные или, в зависимости от ситуации упреждающие боевые действия командир обязан был проводить только для того, чтобы не допустить массовой гибели наших людей и даже исключить такую угрозу».

Уже во второй половине января 1987 года оппозиция провела решительное наступление и против советских, и против афганских гарнизонов, не оставляя без внимания и мирные кишлаки.

Само присутствие 40-й Армии не позволяло моджахедам бесповоротно решать поставленные цели свержения правительства ДРА. Вместе с тем оппозиционные партии расценили политику национального примирения прежде всего как слабость государственной власти и лишь усилили борьбу по ее свержению. Повысилась боевая активность отрядов моджахедов в условиях одностороннего прекращения огня советскими и правительственными войсками.

В ноябре–декабре была проведена одна из крупнейших операций «Магистраль» по разблокированию Хоста. Воспользовавшись отсутствием советских частей в округе Хост, душманы к осени 1987 года восстановили одну из самых крупных перевалочных баз «Джавара», которую советские войска разгромили еще весной 1986 года. Существовала опасность создания в Хосте временного правительства оппозиционных сил. Было принято решение спланировать и провести крупную совместную войсковую операцию афганских и советских войск и обеспечить население Хоста в первую очередь продовольствием, а также другими видами материальных средств, сорвать замыслы оппозиции по формированию альтернативного правительства Афганистана.

В этой операции из состава 40-й Армии участвовали силы 108-й и 201-й мотострелковых дивизий, 103-й воздушно-десантной дивизии, 56-й отдельной десантно-штурмовой бригады, 345-го отдельного парашютно-десантного полка и др. Со стороны афганской армии были привлечены силы и средства пяти пехотных дивизий, одной танковой бригады и нескольких подразделений спецназначения. Кроме того, в операции участвовали более десяти батальонов царандоя и госбезопосности.

Обстановка на магистрали Гардез-Хост была сложной. Сначала предстояло овладеть перевалом Сети-Кандав – он расположен на высоте трех тысяч метров. Группировка оппозиции в этом районе состояла в основном из военизированной части племени джадран. Это племя вообще не подчинялось никакому правительству и действовало, как считали нужным его руководители. В 80-е годы руководство формированиями моджахедов осуществлял Джелалуддин, выходец из этого племени.

Поскольку переговоры с Джелалуддином оказались безрезультатными, 23 ноября была начата операция «Магистраль». К исходу 28 ноября передовые части овладели перевалом Сети-Кандав. Затем опять начались переговоры с лидерами воюющего племени джадран. Но 16 декабря войска были вынуждены продолжить боевые действия. 30 декабря по магистрали на Хост двинулись первые машины с продовольствием.

Во время визита в США в декабре 1987 года М.С. Горбачев заявил, что политическое решение о выводе советских войск принято. Вскоре в Женеве за стол переговоров сели делегации СССР, США, Афганистана и Пакистана с целью выработки политического решения афганской проблемы. 14 апреля 1988 года были подписаны пять основополагающих документов по вопросам урегулирования политической обстановки вокруг Афганистана. Согласно этим договоренностям, которые вступили в силу 15 мая 1988 года, советские войска должны покинуть территорию Афганистана, а США и Пакистан обязались полностью прекратить финансирование афганских мятежников.

Советский Союз неукоснительно выполнял все взятые на себя обязательства. Уже к 15 августа 1988 года была выведена половина Ограниченного контингента. Для вывода советских войск были определены направления: на западе – Кандагар – Шинданд – Кушка, на востоке – объединявшиеся в Кабуле маршруты из Газни, Гардеза и Джелалабада, далее через перевал Саланг в Пули-Хумри и Термез.

Летом 1988 года (с 15 мая по 15 августа) советские войска были выведены из таких гарнизонов, как Джелалабад, Газни, Гардез, Кандагар, Лашкаргах, Файзабад и Кундуз. Вместе с тем боевые действия против отрядов оппозиции не прекращались.

Разумеется, оппозиция прослыла бы бездарной, не воспользовавшись удобным случаем. С начала вывода советских войск она начала действовать с еще большей напористостью на всей территории страны.

С середины мая стали регулярными обстрелы Кабула ракетами. Оживали ранее перерезанные тропы, по которым поставлялось моджахедам военное снаряжение. В срочном порядке возрождались и заново создавались в приграничных с Пакистаном и Ираном зонах укрепрайоны, базы, склады. Резко увеличивались поставки оружия, в том числе ракеты «земля-земля» с дальностью действия до 30 километров, «Стингеры» и др.

Результат, конечно, сказался незамедлительно. Значительно сократилась деятельность афганской авиации. С 15 мая по 14 октября вооруженными отрядами оппозиции были сбиты 14 самолетов и 36 вертолетов афганских ВВС. Они предприняли попытку овладеть некоторыми провинциальными центрами. 24 июня отрядам моджахедов удалось на некоторое время захватить центр провинции Вардак – город Майданшахр. Со стороны оппозиции в боях за город участвовало более 2 тысяч человек. В июле подвергся длительной осаде и штурму центр провинции Заболь город Калат. Осаждавших разгромили подтянутые из других районов войска, но Калат – небольшой населенный пункт с примерно 7 тыс. жителей – был сильно разрушен

Генерал-полковник Б.В. Громов, подводя итоги за этот год, в своей книге «Ограниченный контингент» сообщил: «В результате боевой деятельности 40-й Армии в течение 1988 года отряды оппозиции были значительно ослаблены. Совместно с подразделениями вооруженных сил Афганистана мы провели большую работу по расчистке районов вдоль магистралей. После несостоявшихся переговоров с оппозицией во время проведения войсковых операций мы нанесли моджахедам внушительный ущерб. Советскими войсками было захвачено более 1000 зенитных горных установок и более 30 000 реактивных снарядов к ним, более 700 минометов и примерно 25 000 мин, а также значительное количество стрелкового оружия и более 12 миллионов патронов. Во второй половине 1988 года силами 40-й Армии было захвачено 417 караванов оппозиции, следовавших из Пакистана и Ирана. Тем не менее моджахеды по-прежнему представляли опасность для правительства Афганистана».

В ноябре, после ухода советской бригады, оппозиционеры в сговоре с должностными лицами второго армейского корпуса афганской армии попытались захватить власть в Кандагаре. Переворот удалось предотвратить. Но обстановка от этого не разрядилась, она продолжала накаляться и здесь, и в других провинциях – по мере того, как все меньше оставалось в ДРА советских воинских частей.

Советская сторона выполнила женевские соглашения. 40-я Армия к 15 февраля 1989 года покинула территорию Афганистана. Все события после вывода советских войск подтвердили то, что статус-кво сохранялся в этой стране только благодаря присутствию там советских войск.